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CCF YOCSEF天津成功举办“抗疫”战争超级计算 如何发挥“国之重器”作用技术论坛
2020-05-07 阅读量:1089 小字

2020年新冠病毒在全球范围扩散,引发了全球范围的“抗疫”战争。超级计算与大数据以及人工智能等技术一样,是科学与新冠病毒作战的关键工具。全球的研究人员、企业和政府都已开始投入海量的计算资源以应对新冠危机。中国各大国家超级计算中心,美国的超级计算联盟,欧洲和日本的超级计算中心等都开放各自的计算资源,用于药物筛选、新药研发、基因组学研究。

2020年4月25日CCF YOCSEF天津分论坛,围绕在“抗疫”战争中超级计算如何发挥“国之重器”的作用,成功举办了技术论坛。


本次技术论坛邀请到了国家超算广州中心副总工程师杨跃东教授、国家超级计算长沙中心副主任彭绍亮教授、国家超级计算天津中心主任助理孟祥飞研究员、国家超级计算深圳中心应用推广部部长黄晓慧博士(四位国家级超级计算中心的技术专家)做主题报告。CCF YOCSEF天津副主席冯景华、CCF YOCSEF天津学术秘书郝小可担任本次论坛的执行主席,CCF YOCSEF天津AC委员李海丰作为本次论坛的在线主席。CCF YOCSEF总部主席陈健、YOCSEF长春主席底晓强等在内的多位总部和分论坛AC,以及相关领域技术人员合计100余人参与了本次论坛。

【报告简介】

杨跃东教授,进行了天河二号智能健康医药平台及抗疫应用的主题报告。分享了国家超级计算广州中心在健康医药智能算法研发、以及在抗击新冠肺炎方面的一系列应用。在药物开发方面,开发了基于视觉问答任务(VQA)方法开发的药物筛选方法,在疫情发生的第一时间进行了大规模的老药新用筛选,提出了新药列表,目前正在合作开展实验验证;同时,开发了基于Transformer的化合物逆合成预测、化合物性质预测等一系列药物研发的方法;在医学诊断方面,基于深度学习,开发了基于CT的新冠肺炎诊断研究。



彭绍亮教授,进行了“基于超算的人工智能抗疫大数据平台”的主题报告。分享了国家超算长沙中心主持和参与研发的《基于超算的人工智能抗疫大数据平台》,主要包含以下几大计算系统:(1)基于超算的人工智能病原检测和抗病毒药物重定位大数据平台;(2)基于临床和社交网络大数据的人工智能可视化主动防疫安全网;(3)大规模人群非接触式高精度体温实时测量和疫情监测系统;(4)抗疫复工复学心理健康呵护公益平台。  

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孟祥飞研究员,进行了“新冠CT影像AI辅助诊断实现”的主题报告。分享了国家超级计算天津中心在支持新药研发、中医药研究、新冠CT检测方面的工作成果。主要分享了国家超级计算天津中心和合作单位研发的新冠CT影像AI辅助诊断系统。该平台自系统发布来,日均访问次数超过2000次,相应学术论文下载超过15000次,对超过600例的病毒感染肺炎患者的CT图像进行了辅助诊断系统首诊测试,系统的首诊准确性超过90%。


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黄晓慧博士,进行了“新冠疫情下的超算联合战疫”的主题报告。分享了国家超级计算深圳中心联合国内其他超算中心和相关单位为包括中山大学罗海滨教授在内的多个药物筛选团队提供超级计算资源支撑的故事,以及深圳中心在病毒扩散模拟、基因测序处理等方面的成果。并针对在“疫情”情况下,超算联合抗疫存在的包括资源不同、接口不同、协调机制不同等问题,给出了自己的一些建议和思考。


【思辨环节回顾】

听完专家的报告,四辩环节气氛依然热烈,直至论坛结束还保持超过80人在线。思辨环节简要记录如下:


邀请YOCSEF总部主席陈健发言:超算使用者关心自己的应用本身,不关注背后的使用资源。如何做一些特殊设置,让最终使用者使用超算平台时,不需要花费过多时间适应平台的多样性,这一点非常重要。不同平台之间应该提前部署相关系统,能够实现不同超算平台的对接、协同,以支持国家重大战略!

议题一:在抗疫层面超级计算发挥实际作用需要哪些支撑和环节?

广州超算中心杨跃东:药物筛选的全流程分享,首先需要知道病的信息,了解分子机理,用超算平台快速找到靶分子;其次,需要得到其三维空间结构,如何对大量数据进行快速处理;然后,采样环节;之后,小分子的筛选,可用人工智能方法进行优化等。目前面临的问题:需要政策支持,希望能够合法、方便、快速地获取数据。

线上主席李海丰线上提问:中医在治病方面也取得大的疗效,超算能否与之相结合?

广州超算中心杨跃东:中医呢,一般是望闻问切,计算机视觉研究的洞悉,中医以后发展需与现代技术相结合,数字化,再与超算相结合。

天津超算中心康波:有过超算与中医的结合经验,基于超算平台进行中医的经验的处理,中医的各种经验的组合涉及大数据领域,对计算力的需求非常大,因此需要超算的支持;另外对CT等医疗影像数据的分析,也需要超算支持,也算是中西医结合的一个方面。

湖南超算中心易大江:中西医结合存在较大困难。中医的望闻问切主要依赖医生经验,非线性非常强,更适合通过超算平台提供支撑,个人认为后续需要加强中医与超算的结合,也有利于中医经验的传承。

YOCSEF太原分论坛副主席裴向东提问:在抗疫层面,超算主要提供算力支撑;服务需要前置,做医学的交叉学科,加大超算与医学的结合。交叉学科的盲点在后续如何得到有效克服?

深圳超算中心黄晓慧回答:人还是非常重要的,比如中医的临床数据该如何理解,目前的大数据人才对中医数据不够理解,所以很难设计相关模型,这确实说明了交叉学科人才的急缺。

广州超算中心杨跃东:超算是面向应用的。广州超算每个学科都会有一些博士、硕士进行对接,这些人本身就是来自交叉学科。目前广州超算中心与中山大学附属医院合作非常多,超算资源应更多投入到公共卫生领域,未来也会有更多投入。交叉人才的培养需要国家政策的支撑。

议题二:我国的超级计算单位是否需要在后续类似危机发生时,建立更紧密的联盟?

深圳超算中心黄晓慧:非常有必要建立紧密的超算联盟来应对危机,建立联盟在技术层面没有问题,问题在于运营和操作层面。国家的这几个超算中心之间建立联盟比较容易,但如何使腾讯、商汤等商业公司也加入到这样的联盟比较困难。另一个是操作层面的问题,应用的请求,具体支撑哪个团队计算使用,怎么审批用户,怎么让用户知道有这个资源池的存在,也会涉及到推广问题。

执行主席郝小可提问:怎么推动这个协议达成?

深圳超算中心黄晓慧补充:各大超算中心每年都有联席会议,目前建立联盟的建议还没有提到联席会议上,目前还是在学术层面探讨,如果有必要确实可以提到联席会上去的。

YOCSEF太原分论坛裴向东:后续应从技术、节点、响应机制等方面建立更紧密的超算联盟,那么在操作层面如何实施存在困难,建议从执行层面设置定期的研讨,从技术层面(新技术、新应用、新平台)形成常态化的交流机制。

YOCSEF天津主席王鑫:涉及大规模计算的任务,超算在应对国家的重大任务,能否以“计算”作为抓手,把各个环节的任务联系起来?

广州超算中心杨跃东:涉及到大量的计算,医生的专长不是写程序,不擅长,我们是建立一个平台提供使用,目前也在做一条龙的完善,也可以做思想碰撞。

南开大学程明明:以超算作为中心,是不是以“问题”为中心比较好?

南京邮电大学刘天亮:超算起到“赋能”作用,云化的大脑,很强的计算平台,同意程明明所说的,以问题为导向,为解决问题赋能,帮助解决问题。

YOCSEF总部主席陈健:超级计算机不等于超算,超算还应包括超算应用等。从应用出发、用户出发,不同的需求不一定需要顶级的超算,应该针对不同的用户需求,设计、提供超算资源,难点在于如何对用户需求进行聚类。

议题三:开放议题,针对当前信息技术在“抗疫”方面发挥的作用进行交流。(由于时间关系没有深入展开)

YOCSEF后任总部AC吴迪:1、北京超级计算中心愿意积极参与超算结盟,提供支持;2,联盟中的机制问题:怎么利用现有的联盟后的联席会议,能在重大应急事件中及时应对。

目前,我们的超级计算机已经发挥了国之重器的作用。在疫情发生的第一时间,专家们在超算平台上研发了新冠CT影像AI辅助诊断系统,大规模人群非接触式高精度体温测量和疫情监测系统,利用超算技术也能够进行大规模的老药新用筛选,更是通过联合作战的策略进一步提高效率。来自各大超算中心的专家表示,希望可以提供技术支持,积极参与推动超算结盟,将国之重器的优势发挥到极致。


最后由CCF YOCSEF天津主席王鑫对本次论坛做了总结发言。论坛在参会人员的热烈讨论中落下帷幕。本次技术论坛活动取得了圆满成功。

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